Buenos días,
1. A mi las cajas tipo cubo no me gustan nada, por ese motivo si quieres Micro-ATX (mini son más pequeñas aún) te diría que fueras a por esa ML04, una GD05, MS-Tech MC-1200 (viene con mando incluido) o similares.
2. La diferencia no son 60€ ni de lejos, son 10€: Intel Core i3 4130 - Procesador Intel (LGA H3 1150, 3,4 GHz, 3 MB cache , Intel HD Graphics 4400, tecnología Intel de 64 bits): INTEL: Amazon.es: Informática y el "T": Intel® i3-4130T si me apuras son 18€ por lo de los gastos de envío. En mi opinión, 10 o 18 euros sí merece la pena y mucho (un 65% menos de TDP se nota, quieras o no y no solo en tareas muy pesadas). Sobre la HD4330/T en mi opinión tampoco merece la pena estirarse hasta él, la HD4600 es un 15% más potente (una nimiedad) y el precio y calor serán mayores.
3. Si montas caja Micro mejor ve a por placa Micro, así podrás aprovechar mejor todas las posibilidades de la caja.
4. Si finalmente la elegida es la ML04 te sugeriría ir a por el Noctua NH-L9i: http://www.amazon.es/Noctua-NH-L9i-V...ua+perfil+bajo he comprobado en directo entre dos equipos muy parecidos (Haswell) uno en una Origen M10 (la de un cliente, no la mía) que montaba el Noctua y otro el Shuriken II en una MS-Tech MC1200...y para mi sorpresa el Noctua era CLARAMENTE más silencioso, de hecho yo lo pondría al nivel de silencio de un Silent Wings 2 y refrigeraba un Quad Core Haswell en una caja Mini....y perfecto de temperaturas. No te equivocarás. Además el Shuriken II tiene un molesto ruido mecánico que el Noctua no tiene...ni pegando la oreja con la caja abierta (lo hice) logras escucharlo, una maravilla.
5. La RAM perfecto, no hace falta más.
6. Yo te diría que fueras a por una Pico, ya has podido comprobar que, aunque las Be Quiet! son muy silenciosas no hay color...y precisamente ayer mismo comprobé como la Be Quiet! SFX 2 cuando le das caña al equipo (era un AMD A8 de 65W) ya se oía claramente...no demasiado pero sí audible y molesta, para mi gusto. Con las Pico no se oye absolutamente nada.
7. He montado un porrón de configuraciones como la que pides: SSD+HDD de 3 TB (red y green) y NO HACE FALTA ningún ventilador extra, simplemente con el de la CPU (al menos en configuraciones que se basan en el 4130T) y se mantiene MUY MUY frío todo el equipo. Ni modificaciones de cajas, ni ventiladores adicionales...y como optes por una PicoPSU el ÚNICO ventilador de todo el equipo será el de la CPU...y ya te digo yo que si es el Noctua no lo oirás. Y recuerda que aunque el sonido quede por debajo del ruido mecánico del disco duro, los dB nunca se tapan, se suman doblando la presión sonora cada 3 dB, por mucho que se comente lo contrario, es pura física.
8. Perfecto, o quizá mejor aún Windows 8.1 que es más rápido y tiene varias mejoras sobre el 7, pero como prefieras.
9. Comentado en el punto 7, no te harán falta para absolutamente nada.
Un saludo y perdona por no contestarte al móvil, ando liadísimo de trabajo últimamente.