Hola t0r,
Voy a intentar ayudarte repasando los componentes que has escogido:
Caja: A mí sinceramente me parece fea, pero bueno, eso es cuestión de gustos. Lo importante es que es una caja espaciosa y que permite una buena refrigeración, con lo que la veo buena elección.
APU: El 3225 lleva una HD4000 integrada con lo que reproduce BD3D, sin embargo el i5 3330 lleva una HD2500 que no es compatible con BD3D. Sin embargo esto te da igual porque vas a usar una gráfica dedicada, con lo que el i5 me parece mejor opción al ser 4 núcleos reales y no 2 con hyperthreading como es el caso del i3.
Placa: Las dos placas que pones parecen idénticas por las conexiones traseras que llevan, así como por tener ambás el mismo número de zócalos para memoria y slots internos de expansión. Cualquiera de las dos creo que es muy buena elección para un HTPC.
Memoria: Muy bien, tan solo tener en cuenta su altura que no sea problema con el disipador.
Disipador APU: No es mala opción aunque no sería mi elección. Según el fabricante de la caja la altura máxima del disipador es de 115mm, con lo cual el Be Quiet Shadow Rock Top Rock encaja muy bien, pues si le pones el ventilador por debajo su altura se queda en 101mm, y es un disipador más "consistente" que el Noctua que has puesto.
Fuente: Yo he montado la de 300w y es muy silenciosa, aunque es cierto que en el caso de la de 400w y 500w según el propio fabricante a partir del 50% de carga se dispara un poco el nivel de ruido, aunque no va a ser problema porque no creo que te pase de 250w el consumo total del equipo a no ser que le metas mucha caña a CPU y VGA al mismo tiempo.
Si no te importa gastar un poco más tienes la Straight Power de 500w con 80+ Gold que es más silenciosa que la que has puesto: ENLACE
Gráfica: No es mala opción, desde luego, pero en este caso yo pondría la que suelo poner a los clientes que me piden un HTPC con el que poder jugar, la Sapphire HD7770 Vapor-x con doble ventilador: ENLACE.
La 7770 consume mucho menos que la GTX 460 (TDPs de 80 y 150w respectivamente) y la 7770 en motores gráficos antiguos es ligeramente inferior pero en motores gráficos nuevos es igual de potente o incluso algo mejor.
Pero vamos, si quieres realmente una gráfica fresca, silenciosa y lo más potente posible para juegos, la Asus 7790 es tu elección: ENLACE. Consume poco más que la 7770 pero es notablemente más potente, gracias sobre todo a su memoria que va a 6,4 Ghz frente a los 5,2 ghz de la 7770 VaporX de Sapphire.
Mi única duda con la 7790 es si te cabrá bien en la caja, pues tiene unos heatpipes que sobresalen por encima de la altura del PCI, y aunque en las fotos de la caja parece que hay algo de espacio, no te lo puedo garantizar al 100%.
Por supuesto, tanto la 7770 son compatibles con Bluray3D y hasta donde yo sé con los formatos de audio en HD que comentas.
Grabadora: Tiene una muy buena pinta, las unidades ópticas de Liteon suelen ser excelentes.
Lector de tarjeta: Muy buena pinta
En cuanto a los ventialdores de la caja, no puedo decirte... los que traen las cajas Silverstone (al menos las GD04 u GD05) son de mala calidad y dan un chasquido mecánico incluso a bajas rpm, con lo que siempre los cambio. Quiero decir con esto que una caja de calidad y precio alto no es garantía de ventiladores de calidad.
Saludos