Si no vas a transcodificar de PCM a DSD, yo no usaría HQPlayer. Incluso si lo haces, puede empezar dejando que lo haga Roon, que al fin y al cabo no lo hace mal y vas probando si te gusta más en PCM sin sobremuestrear, con PCM sobremuestrado o transcodificado en DSD (DSD64, DSD128 y/o DSD256).
No sabría decirte que diferencias hay. En mi caso empecé por la versión 4, pero de HQPlayer Embedded. Supongo que tú hablas de HQPlayer Desktop, que tiene interface gráfica. La versión Embeddded no tiene interface gráfica, solo una pequeña pàgina web para facilitar la configuración y nada más. De todos modos, la versión 3 no es la actual y supongo que tendrá un mantenimiento más limitado en el tiempo que la 4.
Las actualizaciones dentro de la versión mayor son gratis, es decir, de 4.x a 4.y, pero los saltos de versión se pagan. Es algo habitual en el mundo del software.