No puedo opinar mucho porque no tengo ARC, pero tal y como dices:
no estás usando ARC para escuchar el deco y el ipad, sino que el sonido pasa (y se queda) en el receptor, mientras que la imagen sí va hacia la tv. Para usar el ARC los dispositivos deben estar conectados a la tv y sólo ésta al ampli tal y como lo tienes (Cable HDMI 1.4 entre Yamaha (HDMI OUT) y la TV (HDMI con ARC)).
Quizá haya alguna opción de ARC dentro del menú de la tv...