Cuando sincronizas con iTunes, las aplis que tienes bajadas en el iPhone o iPad se transfieren automáticamente (o deberían). A parte, en la Copia de Seguridad, se copian todos los datos y fotos que tengas.
Al Restaurar, ¿configuraste el iPad como nuevo o restauraste copia de seguridad? ¿Con que cuenta de iTunes accediste?. Por si acaso, vuelve a restaurar copia de seguridad. Te lo tiene que dejar exactamente igual que antes de haber metido la 5.0.1. Si algo bueno tiene el iTunes, es que las Restauraciones y Copias de Seguridad las clava. Por lo menos yo nunca he tenido ningún problema.
Y con la 5.0.1 puedes tirar también de la Copia de Seguridad en iCloud, por si acaso.
El iTunes, también lo odiaba a muerte hasta que decidí dedicarle un tiempo. Ahora me parece una aplicación fabulosa y que me ahorra muchísimo tiempo. Todo está superordenado, me olvido de carpetas, contenidos duplicados, etc... meto lo que quiera en iTunes, sincronizo y todo queda perfecto. Y con el iCloud y sincronización WIFI, ya no hace falta ni conectar. Todo se hace automáticamente.