¿Estoy estropeando mis altavoces BOSE?

La potencia del equipo Pioneer debe rondar los 35-40 W RMS (20-20.000 hz) como mucho (y ya me parece mucho). Comercialmente es más "apetecible" comprar un equipo de 100 W por canal (tres cifras) que no uno de "25" tristes vatios, motivo por el cual se utilizan distintas "escalas".

En cuanto a la asociación con la potencia recomendada por el fabricante de los altavoces, no parece haber problema.

Esa distorsión o sonido enlatado-reverberación puede ser debida a varias causas: la primera y más sencilla es que al tratarse de un sistema "full-range" (una sola vía) de tamaño "limitado" (menos de 5") el driver -altavoz- se encarga de reproducir toda la banda pasante y en determinados momentos de mucha dinámica puede sobrepasar los limites "físicos" del altavoz (elongación, suspensiones, etc.). ¿ Es esto nocivo ?, puede serlo... lo mejor es no llegar nunca a estos limites, normalmente los altavoces están diseñados para soportar una presión acústica determinada (en función de sus características y del amplificador asociado) y no conviene "superar" esos limites.

Igualmente, el recinto del altavoz está realizado en plástico y puede estar muy relacionado con ese sonido "enlatado"

En tercer lugar puede aparecer distorsión en la señal entregada por el amplificador (supongo que a esto te refieres con la "onda cuadrada") y es muy nociva para cualquier altavoz, especialmente para los tweeters. En el caso de un full-range supongo que será más tolerante pero no exento de riesgo.

Creo que por lo que comentas es más posible lo primero que lo segundo, en cualquier caso no es nada recomendable llegar a esos limites. Digamos púes que es un problema de limites más que de compatibilidad.