Esto se debatió hace poco en otro hilo. La distancia no se basa únicamente en la distancia física sino también (o más) en la distancia que tiene que recorrer el sonido para llegar al punto de escucha (retardo/fase). El AV indicará una distancia a cada altavoz para que todos lleguen a la vez al punto de escucha. Normalmente, en los altavoces de columna o monitores, la distancia física y de retardo suele ser igual o muy aproximada. En subwoofers activos puede variar muchos metros (como te pasa a ti), ya que el crossover, amplificador y circuitos pueden producir un retardo importante, que se solventa alejando el altavoz virtualmente para que su sonido te llegue antes. Yo dejaría las distancias que asigna el calibrador.
Saludos