Cual es la mejor opcion para setear la salida de video de un Blue Ray Sony

Probablemente dé igual, pues tu TV hará un escalado "hacia abajo" de la señal a 720p por mucho que le metas 1080p.
A una distancia de visionado normal (2.5-4 metros), en ese tamaño de pantalla, no hay forma humana de notar diferencias. Si viendo de más cerca las encuentras, infórmanos, please.

Para que pueda valorar, según varias fuentes de fabricantes la distancia máxima recomendada de visionado de full hd (1080p) en un televisor de 46 pulgadas (más o menos) es de 2 metros. Si te vas a poner a 3 metros por ejemplo, tu ojo no es capaz de distinguir una señal a 720p de una de 1080p.

El tema está en la relación tamaño/distancia. Si está cerca en una tele grande, si lo va a notar, sino no.
Como muy bien dice OrtoPiroMeta no se preocupe ya que no creemos que note demasiada diferencia a ojo humano.

Ante todo gracias por contestar, yo lo comparo a la misma distancia que veo los LCD con BR en los centros de venta y ni por casualidad se ve así pude ver BR con LCD de 720p y se ve mejor que el mio, ni que hablar de 1080-1080 puede haber tanta diferencia, se justifica comprar un 1080p o ya me conviene esperar a que empiecen a bajar los 3D y comprar

En mi opinión el tema del 3D está "a falta de uno o dos hervores". En un par de años, habrá tv 3D sin gafas (y espero que sea muuuucho mejor que la nintendo 3DS, por favor!!!!), por lo que yo no iría a por una tv con 3D, pero si te puedes permitir el gasto, si que iría a por una de 1080, por que supongo que toda tu instalación no es para ver telediarios, verdad?

Anécdota:
Yo tengo una tv de plasma Panasonic de 37" (la primera de 8º generación que llegó a la tienda de Barcelona en la que lo compré - un pastón de los de entonces, que salió más cara que el proyector que tengo ahora), y no es ni siquiera hdready. Tiene una matriz de 852x480. Que dolor, eh?
Pues tiene entrada de video por componentes y soporta entradas de 1080i, que por supuesto escala a su resolución. Esta tv la estuve viendo a 3m durante años, y cuando le puse el bluray por componentes, flipé en colores!!!!!!!!!! No te puedes imaginar el salto que fué pasar de dvds (que tenía configurados a 576P, también escalados a 480 por la tv) a ver aquello. Es increíble lo que podía definirse algo en esa resolución tan baja.

Ya se que parece un comentario exagerado, y que además los que habéis visto mi sala ya sabéis que ahora lo veo todo "distinto", pero te aseguro que a 3m se puede percibir diferencia!