Como dices, APO solo actúa si la señal es PCM. De todas formas para asegurarte, puedes poner en algún filtro un valor negativo muy alto y ver así como cambia el audio. Lo pruebas con señal PCM y DTS o el que sea y verás como solo se debería apreciar cambio cuando la señal está en PCM.
Yo de todas formas te aconsejo que te descargues la interfaz PEACE, en el hilo se habla de ella. En ella puedes activar o desactivar APO y ver así el cambio que se produce en el audio actuando o no, la ecualización de APO.

Saludos