Es indiferente y siempre previo a la EQ. Dependiendo de lo que te mida cada caja por separado en punto de escucha eligirás una para fijarte un SPL promedio al que tender el resto y la propia irregularidad de ese mismo canal conforme vas ecualizando.
Para ecualizar generalmente (auqneu no siempre) la zona entre 2/3Khz y 5/6Khz suele ser la que da el mejor promedio al cual tender el resto (pero no siempre). A veces interesa tender hacia algo más bajo en intensidad promedio para no tener que forzar (subir tanto) los valles. La idea es que todos los canales midan igual en forma e intensidad en punto de escucha en la medida posible (evidentemnete el sub tiene que tener la misma intensidad y seguir hacia abajo la recta "imaginaria" a a que estás tendiendo el resto de canales. tambuñen tener en cuenta que para que la medida sea fiable hay que trabajar con un nivel d eSPL "decente" (ni muy bajo como para que ruidos esteriores enmascaren las mediciones; ni jmuy alto como para que algún componente funcione fuera de la zona óptima d etrabajo). generalmente entre 75dB y 70dB suele ser más que suficiente si estás entre aprox. 1m y 4m de las cajas.
Lee con detenimeinto los enlaces que colgué de matrixhfii, donde expliqué la metodogía a seguir con bastante detalle.
Un saludete