Hola, no me atrevo mucho a valorar el problema que expones, puesto que no creo estar entendiéndolo bien. Según interpreto, el subwoofer focaliza demasiado, o dicho de otra manera, fuera de su Rango de influencia no suena... y que la comparación zona sub-zona cajas acentúa demasiado la diferencia entre unos y otros....... ???...Bueno más o menos....

Como bien te indica Reme, veo parte del problema en configuración, así como en localización......¿ y potencia?...me explico:

- En principio los sonidos graves emitidos por el sub no son direccionables, es decir, bien instalado sería dificil decir si el sonido viene de aquí o de allá....simplemente de dejaría notar....evitaría no obstante las siguientes ubicaciones: demasiado cercano a la zona de escucha, y pegado a esquinas, paredes y cualquier elemento que potencie su efecto...

- Un ajuste fino del mismo. Aquí hay que tner en cuenta los siguientes ajustes; Frecuencia de corte del receptor (¿ es fija?, ¿ es variable?...), El filtro variable del Sub. (¿ esta "comiendo" fr. que van destinadas a las cajas?, ¿ está demasiado baja la fr. de corte y crea un vacío entre las cajas y el sub?, ... y por último la potencia: un sub. debe tener potencia suficiente para emitir esas ffrr. con tranquilidad, rápidamente y de una manera controlada.....si "forzamos la amplificación" obtenemos un SUb que retumba en vez de sonar.......

Son muchas cosas las que pueden estar fallando, pero no es normal ese sonido tan focalizado que comentas...y menos que desaparezaca conforme te acerques a las cajas principales - carentes de graves- como comentas.

El SUb se debe notar el la zona de escucha principal, el area donde escuches habitualmente la música, y es ahí donde debes realizar los ajustes, para ello sería ideal que te ayudara alguien para realizar los ajustes desde esa zona de escucha...