¡Qué casualidad!. Me pillas haciendo lo mismo. Bueno, acabando ya. Yo también tengo casi mil cd's y ya te aviso que tienes tarea para rato. Empecé justo después del verano y espero acabar del todo éste fin de semana. También es verdad que lo voy haciendo a ratos, cuando puedo.
Al lío. El programa que uso yo es el easy cd-da extractor, muy sencillo de manejar y que además, si estás conectado a internet te saca todos los títulos de canciones, artista, título del disco, etc. Él solito, sin tener que hacer nada. También tienes un montón de formatos para convertir tus discos al que más desees.
Ah, ya sé que has dicho que no quieres usar formatos con pérdida, pero eso te puede interesar depende de dónde vayas a escuchar la música. Me explico: Yo, la mayoría de la música que escucho es en el coche, y después de probar con varios formatos y a distintas compresiones, llegué a la conclusión de que en un habitáculo tan pequeño como es un coche, no merece la pena esos formatos que ocupan tantos megas por canción. ¿Sabes en qué formato escucho la música en el coche?: wma a ¡64kb/s!. Parece un sacrilegio, pero si lo pruebas ya me dirás. El forero froilancin (al que, por cierto, hace tiempo que no leo) es testigo de ello.
Otra cosa es si la escuchas en una sala grande o algo así. La cosa es probar varios formatos con la misma canción.
Te digo esto porque mil cd's convertidos en formato flac o wav te van a ocupar bastante. Yo también empecé convirtiéndolos a flac pero cuando vi lo que me iba a ocupar todo cambié de opinión.

PD: Menuda tarea te has buscado amigo