Yo los ape los paso primero a formato wav con dBPoweramp. Luego preparo la compilación con Nero y a quemar. Nunca he tenido problemas en el sentido de que los archivos sean diferentes. ¿Has probado si tienes activada alguna opción como normalizar o similares?

Para tratar con archivos ISO, se puede usar Win ISO, pero no siempre es posible. Yo uso con estos ficheros que se me atragantan un procedimiento un poco torpe: los paso a un CD-RW y de ahí extraigo el audio con eac.

Por cierto que eac te permite si tienes el fichero cue, dividir el wav image en pistas individuales y así puedes añadir pistas adicionales a la compilación, para aprovechar a tope el espacio del CD-R.