Supongo que es otro modelo de SW. Las entradas line in left y right sirven para conectar las presalidas de un amplificador, como el de Al, *mediante dos cables RCA-RCA.
Si tu SW tiene además la LFE te dará lo mismo conectarla directamente desde la salida LFE del AVR a la entrada LFE del SW, que poner un cable en Y a las entradas Line In.
Mi SW tiene entradas "Line in" y *entredas para nivel de altavoces (pulsa
aquí *para verlo en grande), *tengo la salida LEF del AVR conectada con cable en Y a las "Line in", sin apreciar cambios cuando desconecto una de las dos Line In.
Puedes comprobarlo cambiando de la entrada LFE a una de las Line In, no debes oirlo diferente.
Espero haberte aclarado la duda *