Solo en pcm, si emites en bitstream sería necesario decodificar en el reproductor a pcm, aplicar eq y recodificar en el formato correspondiente. Creo que jrmc es capaz de recodificar a la salida en tiempo real a ac3 e incluso dsd, pero en cualquier caso lo razonable es usar pcm.

En jrmc puedes aplicar filtros paramétricos, cuya definición te proporciona rew, por ejemplo, o incluso aplicar convolución a lo bestia, por lo que en principio los coeficientes calculados por, por ejemplo, drcop, deberían poderse usar (esto último no lo he probado).

Por cierto que hace unos días le he montado a mi htpc un Asus Xonar STX modificada, cuya salida analógica estoy comparando con la hdmi que utilizaba hasta el momento. Por ahora estas son las impresiones:

Del rojo al azul pasando por el morado: una mañana probando fuentes digitales