Bueno, eso pasa siempre; no es ni bueno ni malo... es lo normal:
pues estamos subiendo el SPL de la caja en esa zona = poniéndolo más fuerte. Una cosa es lo que sale de la caja y otra lo que nos llega al punto de escucha. Siempre que ecualices al alza vas a aumentar la distorsión en esa zona (sea o no una zona de valle), porque lo que haces es subir el volumen en esa zona)... al igual que cuando ecualizas a la baja reduces la distorsión en esa zona ecualisada (por lo contrario).
Mientras la THD no llegue a valores audibles y no varíes la fase (con la consecuente variación del group delay) a mansalva, la EQ "necesaria" (tanto al alza como atenuada) van a dar un plus de calidad de sonido audible
Un saludete