La verdad es que no se exactamente lo que hace youtube, pero sí que baja el bitrate; ya sabes que no todos los compresores de audio (que no es más que un procesado) pierden la misma calidad comprimiendo a mismo bitrate). Fíjate en el bitrate de tu video original y en el que queda en youtube tras colgarlo y a saber que algoritmo utilizan (nada como LAME).
En mi caso lo que noto en mis videos es que el original grabado a 720p/60fps y audio a 1411kbps suena mejor que tras procesar a Filmora (en teoría el audio está a 320kbps y video cambiado de formato), y también que de Filmora a youtube vuelve a perder calidad (nueva bajada de bitrate).
Un saludete