Yo como dicen los compañeros, aunque ya se que no es lo que estas esperando escuchar, tampoco veo la necesidad de realizar la conversion tal y como estas esperanzo hacerla.

Desconozco en primer lugar si tal conversion de bit/rate es posible entre FLAC->WAV con tu software, pero creo que te puedo asegurar que a nivel listening te va a ser imposible percibir minimamente ninguna diferencia. Quizas a algun nivel si tuvieras que trabajar con ese tipo de archivos, pudiera ser, pero para escucha me resulta imposible.

De todas maneras prueba a usar xrecode, creo que este puede dejarte los archivos como esperas.

Comentanos si te funciona