Hay una aplicación que te permite convertir a FLAC o WAV (o lo que quieras) manteniendo la tasa de alta resolución, se llama AudioMuxer, pero ya te digo que es tontería.

Yo siempre convierto los FLACs de alta resolución 24-192 (normalmente ripeos de vinilo) a FLAC 16-44 y, además de ganar muchísimo espacio en disco, no noto diferencias apreciables o que merezcan la pena la inversión en espacio y pesadez de archivos.

Saludos