La única explicación es que no estés cortando los frontales, sino que les estas dejando reproducir todo el rango. Si esto es así, con el sub en la posición nueva, los frontales y el sub estarían en desfase provocando la cancelacion de las ondas de frecuencias bajas, y al mover las columnas has hecho que el sub y las columnas entren en fase acústica.
Si los tiene cortados y lo has solucionado moviendo las columnas, lo que se me ocurre (aunque extraño) es que el simple movimiento de las columnas (como si colocaras mas objetos por la sala) ha provocado que las ondas del sub se modifiquen llegandote ahora mejor hasta el punto de escucha.