Si luego retocas estás haciendo lo mismo pero en vez de en solo un paso, lo haces en más de uno.
Mi recomendación es sin aplicar EQ alguna probar varios cortes hasta dar con la respuesta de cada canal+sub mejor de partida promedio (que tiene que ser el mismo crossover de partida para canal "pareado") aunque ambos canales no medirán igual, y luego aplicar la EQ correspondiente a cada conjunto caja+sub (al menos del trío principal).. no vaya a ser que la EQ conjunta te haya levantado al sumar "una zona" que en cambio con una EQ individual hubieras corregido previamente al aplanar por separado y en realidad podido evitar.
Un saludete