Siempre por separado si se tiene la opción de utilizar EQ independiente por canal, que es lo suyo (las cajas nunca miden en punto de escucha preEQ simétricas... ni aunque la colocación de las cajas sea simétrica en la sala y el oyente esté centrado).
Posteriormente siempre se pueden hacer retoques con ambos canales a la vez si la suma realza algunas frecuencia más que otras (en este caso se suele bajar de manera simétrica repartiendo por igual la bajada para mantener la diferente EQ aplicada individualmente). Igualmente, si la EQ individual está bien realizada la suma suele mantener muy poca variación en la forma de curva vs la individual (generalmente el desviamiento entre la medida individual y la de la suma de canales no debería oscilar más de +/-2dB).
Un saludete