como se debería ecualizar?

A modo de resumen, se aconseja dejar el mobiliario igual que cuando lo estás escuchando.
Los cojines afectan, pero no suele ser tanto como para preocuparse, siempre que no estén "Tapando" la línea visual del tweeter.
Puedes quedarte sentado en el punto de escucha, fuera de la sala, o bien en algún punto de la misma donde no estés en la visual de los tweeters, por un lado, las personas actúan más como "Difusores" más que como "absorbentes", por otro, es más fácil que metas ruidos si estás en el punto de escucha, es muy difícil lanzar las medidas desde fuera de la sala ( la puerta abierta o cerrada SI marca una diferencia), así que te queda estar dentro, pero donde no "Estorbes".

Sobre estar agachado o no estar justo donde está el micrófono:
Se aconseja hacer más de una medida alrededor del punto de escucha, la ecualizacion es única, calculando los valores medios de los datos obtenidos en las medidas, típicamente 8 medidas.
A mayor número de altavoces, más amplio es la zona de escucha.
Con un 2.0 o 2.1 el punto de escucha es más localizado que con un trio frontal (línea), un 7.1 o superior es más amplio (la "línea de escucha" se convierte en una "zona de escucha")
Esto son generalidades, posiblemente para salas "grandes" con un trabajo previo de "acondicionamiento" profesional.
Prueba y quédate con la forma que más agrade a tu oído, que es lo que realmente cuenta.