Tal como lo estas haciendo estás ecualizando conjuntamente cada caja+sub, es decir, el sub recibe una ecualización distina para cada canal (una para el sub con el frontal derecho, otra para el sub con el frontal izquierdo, otra para el sub con el el central, etc) y después aparte tendrás que ecualizar el canal LFE, que recibirá otra EQ distinta, es independiente de los otros canales.
Si haces una EQ para estéreo con subwoofer de esta forma en realidad es como si no estuvieras haciendo una EQ 2.1, sería como hacer una EQ 2.0 pero teniendo en cuenta el sub para cada canal ya que se ecualizaría el sub como parte de cada canal (resultaría una EQ para izquierdo+sub y otra distinta para derecho+sub).
Si fuera una EQ 2.1 resultarían 3 EQs distintas, una para el canal izquierdo sin sub, otra para el canal derecho sin sub y otra para el sub.