Bueno la solucion es el filtro de corte de frecuencia variable que traen los subwoofer en el cual seleccionas tu mismo dicha frecuencia.

No creo que existan problemas de que las frecuencias bajas de los cajas y del subwoofer se solapen, es mi opinion, aunque puede ocurrir que se saturen los bajos al existir un rango de frecuencia que se reproduce por duplicado, pero para eso ya te digo esta el filtro del subwoofer el cual podras variar hasta ajustarlo a tu gusto.

Podras conectar un subwoofer activo a tu ampli si este tiene una salida de audio sin amplificar

saludos