Lo suyo es medir siempre cada canal por separado y aplicar los filtros correspondientes (que serán diferentes para cada canal; a veces pueden llegar a ser MUY diferentes). De hecho para ecualizar la zona de cruce correctamente lo que se recomienda es ecualizarsiempre canal derecho + sub por un lado, y canal izquierdo + sub por el otro.

Puedes ecualizar sub y principales de manera independiente pero caundo lo tengas controlado la zona de cruce entre ambos se debe retocar tras medir siempre a la vez pues al sumar en alrededores de la freceuncia de corte suenen producirse diferencias sobre la EQ aplicada por separado.

Paciencia, que poco a poco esto quedará niquelado. Verás como no es nada complicado cuando se le pilla el truco; además todo tiene su lógica.

Un saludete