Al final he podido resolver lo de la fluidez de streaming por red, desde un disco (tdt, grabador,reproductor) y tambien desde el pc con PLEX:

-En un principio parece ser que el problema lo tenía en el ordenador, que lo tenía colapsado de varios días con el utorrent conectado, y parece ser que al final se colapsa la red.
Así que reiniciando y haciendo un poco de limpieza, ya está.

-Hice la prueba de renombrar algunos mkv por m2ts, pero me reproducía con la misma fluidez ambos archivos. Además miré con el botón info de archivo de PLEX, y aunque el archivo tenía extensión .m2ts, pone que el contenedor es mkv, por lo cual deduzco que lo trata en la decodificación como un mkv.
Tambien es cierto que sólamente he probado unos 20 minutos de cada película y no se si durará fluido hasta el final. En cuanto lo pruebe os lo digo...

- Si que tiene PLEX, dificultad para actualizar los contenidos (sobre todo si le cambias la extensión a los archivos).
Tuve que borrar la carpeta movies y volverla a generar para forzar los cambios.
- Los capítulos de las series a veces me detecta unos pocos y a veces ninguno, poniendoles a todo el mismo sufijo...
Seguiremos trasteando...