Eso no es por el MKV. Va por temas diferentes. La TV lee MKV, eso es el primer punto.

Por otro lado, la TV pilla la imagen que reproduce y puede crear un 3D suponiendo que sea SBS/OU/Anaglifo.

Por lo tanto, a tu pregunta como si fuera algo conjunto "MKV SBS" la respuesta es "si", pero es porque la TV hace el 3D de cualquier imagen que reproduzca. Por ejemplo, imagina que pones vía HDMI tu portátil y pones la peli SBS/OU/Anaglifo. Pues solo tienes que decirle que es uno de estos formatos y listo, ya está el 3D activado (también puede que la TV lo active solo)