Si lo tienes desactivado ya no tendrías que ver los cambios de intensidad de luz en la pantalla (los pequeños flashes que comentas). Quitalo y te irá mejor. También puedes probar a desactivar el sensor de luz de la tele que sirve para ajustar la imagen en función de la iluminación de la sala.
Y sí, tiene que ser tu reproductor porque como comenta Hector la tele no da ningún salto (smearing) viendo
BD, salvo los típicos del cine y que precisamente le dan ese aspecto cinematográfico. Los 100 Hz sólo te influirán en el visionado de televisión y yo la verdad es que no noto nada raro incluso viendo deporte.