Lo suyo es que al pinchar el pendrive empezase el proceso de actualizacion. Si no lo reconoce prueba con otro. Es mas, prueba a ver si te lee algun otro archivo del pendrive.
Una pregunta para javi_spa. ¿Por que dices que lo unico que varia es el numero de la version y que el contenido es el mismo? Que no veas modificaciones no significa que no las haya...