Yo uso mkv 1080p side by side.
Lo primero es configurar el reproductor a 1080p. Lo penes a reproducir el mkv en cuestion y lo verás repetido a cada lado de la pantalla. Entonces con el mando activas el 3D y cambias la opción de automático a side by side. Con eso, las imágenes que veías se fusionan y se quedan como superpuestas (como dobles). Entonces te pones la gafas y listo. No tiene más misterio.
No creo que tenga nada que ver ni el disco duro multimedia ni el cable HDMI, ya que no es como intentar ver un blueray 3D donde la información que se envía son 2 videos a la vez a 1080p que se fusionan. Con los mkv side by side, se mandan los 2 videos juntos en un mismo video a 1080p con lo que cada video tendrá un resolución de 1080/2.
Lo que puede ser es que si lo pasas a divx y le cambias la resolución o modificas algún aspecto del video, las imágenes no se sincronicen correctamente y al verlo no se produzca el efecto 3D.
Piensa que cada ojo ve una imagen con una polaridad diferente y que tiene que estar en una posición determinada de la pantalla. Si la polaridad (no creo que sea tu caso) varía, o si varía la posición (esto si que es seguramente), adios 3D.
Es lo mismo que pasa a los que lo conectan por ordenador y no ponen la resolución a 1080p. Les aparecen franjas negras por los lados y por tanto la posición de las imágenes no se superpone como debería para formar el 3d y las gafas no lo reconocen (o si lo reconocen pero el cerebro humano no lo interpreta correctamente).