Gracias por la respuesta Nino. Al final he utilizado un gestor de particiones y he visto que la particion de arranque del Windows 7 y una de las particiones de datos no tenia ningún tipo de formato. Al ponerle formato NTFS a ambas particiones ya me ha dejado restaurar el equipo a la configuración de fábrica. De todos modos, me había informado por internet y para clonar una particion de recuperación, efectivamente se puede utilizar el Acronis y una vez clonada, se puede utilizar un gestor de particiones como por ejemplo el gparted para poner esa particion como activa (boot en el gparted) y de esa forma, cuando arranca el ordenador se iniciaría la particion de recuperación.

Saludos.