Yo personalmente formatearía y si ves todo correcto a continuación instalaría todos los sistemas de seguridad antivrus, antimalware, cortafuegos, etc ... que necesites pero que consuman pocos recursos, que tampoco queremos un equipo lento.

Si el problema es serio, mejor cortar por lo sano y aunque te lleve tiempo, será menor que si te pones a analizar el sistema con los diferentes programas.

Un Saludo