No, no pierdes configuracion, ten en cuenta que Aeon es una Skin o piel, es la que da el aspecto que va a tener el XBMC y no toca nada de la configuracion basica ( librerias, bibliotecas, etc ) lo que si puede pasar es que se desconfigure algo de la piel por que la nueva no tenga alguna configuracion que la anterior tenia pero poca cosa.
Aeon NOX esta muy bien y muy vistosa, en esa skin y en MQ4 es donde consegui hacer funcionar las intro para el arranque.
Un Saludo A Tod@s