No se puede formatear la partición de arranque en ningún caso.

Lo que tu quieres, se debe hacer indicando en la bios que arranque desde el USB, al arrancar se iniciara el instalador del S.O. cuyo primer paso que te pedirá es indicarle en que disco o partición deseas instalar el S.O. y después te indicara si deseas formatear dicho disco o partición. Después, sige los pasos que te pida el instalador.

Saludos