Si pasa. Si cierras esa ventana APAGAS PLEX SERVER. Debes tener un icono de PLEX junto al reloj de tu ordenador, y eso debe andar siempre y cuando quieras ver alguna película en tu televisor.
Eso es sencillo. Hay muchos programas que se inician automáticamente al encender el ordenador y es posible eliminar esta opción. Muchas veces es tan sencillo como buscar la opción (no recuerdo si en PLEX es así), y otras es tan sencillo como quitar el programa de "Inicio" y otras entrar en "ejecutar> msconfig" y deseleccionar la opción de inicio de X programa. Si tienes dudas de esto, mira un poco en google, seguro que lo haces fácilmente.
No. No se puede configurar PLEX para que se abra cuando tu quieras por el navegador, pero si puedes iniciar el programa yéndote directamente al Inicio>Todos los programas>PLEX.
Lo del inicio automático es cosa de Windows, busca un poco por google, es sencillo.
Debes actualizar tus bibliotecas en la administración de PLEX. Además, debes poner nombres correctos a los ficheros, porque PLEX puede catalogar "Batman3.mkv" mal o no catalogarla, si en lugar de eso el nombre es "El caballero oscuro la leyenda renace.mkv" entonces seguro que te la localiza. Al igual que muchas que te descargas y pone "elllasolit-bajatelotodo.loquesea-subidoporJL.mkv" y su nombre debería ser "El llanero solitario.mkv".
Espero que haberte ayudado.