Con Foobar directamente no se puede.. yo también lo investigué largo y tendido y realmente (a día de hoy) no puede hacerse.
Yo utilizo las herramientas del soft dBpoweramp y es sumamente simple. Puedes elegir que nivel del flac quieres (16/44.1- 24/96/172/192...) e incluso si la pista DSD original es 5.1, pues sacas Flac en multicanal también.

Yo tuve que hacerlo porque mi procesador no lee directamente DSD (ni SACD) así que tuve que convertir todos mis discos ripeados en ese formato y pasarlos a Flac 24/96.

Un saludo del Oso