Hola IVI,

Para lo que comentas yo he usado el MKVToolnix, gratuito y disponible tanto para Windows como para Linux.

Este programa te permite cortar por tiempo y también por peso, también te permite quitar y añadir pistas de audio, etc.

El único detalle es que puede ser que si quieres hacer un corte muy preciso no te lo haga exacto, pero bueno, todo es que lo pruebes:

https://www.bunkus.org/videotools/mkvtoolnix/

Saludos