Por lo que tengo entendido, el tema del USB3 con los discos duros habituales (2,5" y 3,5") es algo engañoso. Si quieres aprovechar el USB3 tendrás que trabajar con discos SSD o memorias flash.
Algo me ha pasado a mi. Me compre una controladora para puertos USB3 y daba igual que lo pusiese en USB2 que en USB3.

Salu2
jb