En la página de fnac comentan algo al respecto:

Pago con cheques-regalo Fnac.es
También puedes pagar tu pedido con cheques-regalo de Fnac.es.
Si el importe del cheque-regalo es inferior al del pedido, puedes completar el pago con tarjeta de crédito, transferencia bancaria, o con otros cheques-regalo.
Si el importe del cheque-regalo es superior al total del pedido, el pedido quedará completamente pagado, y el saldo restante se sumará a tu cuenta de “cheques-regalo”.
Si deseas utilizar varios cheques-regalo Fnac.es, entra en tu cuenta y añádelos todos.

Pago con cupón descuento Fnac.es
Si eliges este método de pago, podrás seleccionar la opción “bono de reducción o código descuento” en el paso 4 del proceso de compra.
Introduce el cupón descuento y pulsa “recalcular”. El descuento se aplicará automáticamente.
Ayuda en Fnac.es - Pago