Pues ya he descubierto algo!!!
Estaba viedo esta noche el partido de Champions entre Olympiacos y Manchester y me he dado cuenta de que no hacía los chasquidos. Entonces he visto en mi Onkyo que estaban retransmitiendo en Dolby D 5.1 y no en Dolby D 2.0. Cuando ha llegado el descanso y han desconectado la retransmisión ha empezado a hacer los microcortes (ahí cambian a Dolby D 2.0) y luego en la segunda parte otra vez perfecto en 5.1. En cuanto ha acabado el partido han empezado otra vez los chasquidos.
Conclusión, el problema es el Dolby Digital 2.0 en el que emite La 1 HD y Teledeporte HD. Es curioso que tenga problemas con Dolby D 2.0 de TVE y no con Dolby D 5.1 de TVE.

Saludos.