se ha comentado que con el mkvmerge se puede quitar/modificar el subtitulo para que no saliese. Alguno también ha agregado un subtitulo vació y marcarlo como forzado.

Tendrías que probarlo

P.D.
MrFloppy70 se me ha adelantado

Creo recordar que no es un problema solo del synology, por que yo utilizo serviio (en un synology y en un pc) y tengo el mismo problema