Vía USB puedes cambiar pistas de audio sin ningún problema, de la manera que te explicaron más arriba.
Lo que no se pueden cambiar ni elegir son los subtítulos. Como no lee los subtítulos vía USB, lo que hay que hacer es que meter un MKV (tenga subtítulos o no), y también un archivo .srt (con los subtítulos deseados) con el mismo nombre que la película o serie en MKV. Esto es mucho más rápido que utilizar programas para sacar el audio o los subtítulos.

En resumen:
- Para cambiar el audio de un MKV vía USB no hay problemas.
- Para los subtítulos basta con bajarse el correspondiente archivo .srt y meterle en el mismo USB renombrándolo con el mismo nombre que tenga el archivo MKV y de este modo lo lee directamente. Eso sí, sólo lee 1 subtítulo, si se le meten 2 .srt (por ejemplo inglés y español), entonces no lee ninguno.