Tienes razon queria decir NTFS.
Esta mañana he probado otra vez con otro hd que tenia por ahi con capitulos de survivor en 720p .mkv y ningun problema.
Luego he vuelto a probar con el primero que me daba problemas y aunque me reconoce los archivos no me deja abrir ninguno de ningun tipo, ni grande ni pequeño ni de ninguna extension o resolucion con lo que supongo que el problema esta en ese disco. Tengo que mirar si a mi tambien me ha tocado los permisos de lectura/escritura.
Que tipo de archivos en 1080p se sabe que lee sin problemas?