No no, que va, en ambos mandos me pasa lo mismo, da igual donde esté: menús tv, kodi, emuladores... Pulse el botón que pulse sale un menú de la tv.

He probado con un mando réplica del dualshock 3 conectado por cable usb y con éste si puedo pulsar tranquilamente cualquier botón por lo que creo que es tema de la plantilla de configuración de los mandos míos que interfiere de alguna manera.
Un saludo.