Entonces necesitas si o si algún tipo de hardware donde le puedas instalar un software que interprete el 3D de la ISO (dudo que haya algún reproductor BD que lo implemente nativamente). Lo mas barato en tu caso (si no tienes ya algún pc candidato a htpc) seria adquirir una raspberry pi 2/3 donde meterle el kodi que te mencioné.
La otra opción que comentas es posible pero chapucera, ya que podrías convertir la ISO a mkv, pero perderías el 3D MVC nativo y lo deberias convertir a 3D SBS ( side by side), perdiendo calidad. Si estás realmente interesado, la inversión no es grande, unos 40€, luego ya le puedes meter como almacenamiento un disco duro de red o hasta puedes meter una cuenta gdrive al kodi con tu contenido.