Bueno, he reeditado el mensaje ya que el problema es con los subtitulos, el audio solo era en una fichero en concreto.
He podido averiguar que solo te deja poner subtitulo si el subtitulo en si, en el contenedor matroska mkv, estan en formato srt, si estan en HDMV_PGS_SUP o en VOBSUB no te llegan a aparecer. De momento la unica solución es buscarlos en formato srt y añadirlos con el mismo nombre y extension.srt
Si alguien sabe mas del tema, gracias,