Te respondo a tus preguntas:
1) No se puede mantener intacta la calidad de video ya que un
BD 3D tiene dos pistas de video (una AVC y otra MVC separadas en dos archivos m2ts), una para el ojo izquierdo (AVC) y la otra para el ojo derecho (MVC). Para conseguir un mkv 3D a partir del
BD 3D tienes que recodificar de nuevo el video original, mezclando en una sola pista de video las pistas de video original para el ojo izquierdo y para el ojo derecho.
El resultado es un video que tiene en la mitad izquierda la imagen para el ojo izquierdo y en la mitad derecha la imagen para el ojo derecho, de ahí el nombre de "side by side". Lo que hace el TV es detectar ese video y mezclar ambas imágenes para que el resultado sea un video en 3D.
Simpre puedes elegir la opción de máxima calidad a la hora de hacer el mkv para conseguir un resultado lo más parecido al original, pero siempre vas a perder calidad, sobre todo porque hay una perdida de resolución a la mitad a la hora de mezclar los videos izquierdo y derecho en un sólo video.
2) Nunca lo he hecho pero no creo que sea difícil, con DVDFab lo puedes hacer, te pongo un enlace a un pequeño tutorial (está en inglés):
How to Rip Blu-ray 3D to SBS 3D?
Cuando yo me refiero a que no es posible reproducir en 3D un archivo m2ts de un
BD 3D, me refiero a reproducir el archivo m2ts más grande de la carpeta BDMV\STREAM de la estructura del
BD sin alterar dicho archivo. Además de ese archivo, es necesario también el segundo archivo más grande en tamaño de dicha carpeta (normalmente es el segundo más grande pero podría ser que no), con ambos archivos se consigue la reproducción de la película en 3D.
Otra cosa puede ser lo que dice el compañero Banding, que se trate de un archivo m2ts que alguien ha creado a partir de un
BD, pero eso implica una recodificación para meter en el m2ts dos pistas de video y que algún reproductor pueda leer ambas pistas (el HW del Raspberry Pi es capaz de decodificar video MVC, no quiere decir que cualquier PC pueda).
Espero haberme explicado para que se me entienda.