No se exactamente la diferencia entre pci-expres 2.0 y los 2.1, pero no creo que tengas ningun problema , yo tengo puesta en este ordenador un grafica GTX460( gama media en juegos) , mas moderna que muchas de la serie 5000 de ATi, en una placa con 2-3 años, y en el ordenador de la sala una GTX430( comprada hace 1 mes y diseño reciente) en una placa base con tecnologia de hace 3-4 años, funcionando perfectamente, en los dos casos los micros son Intel core2duo socket 775 al igual que el tuyo.

Saludos..