Le he echado un vistazo al manual, y veo en la pagina 20 que tiene varias opciones para el 3D, quizás este ahí la cuestión, cambiando alguna opción de esas, o cambiando el refresco tanto en el proyector como en la gráfica, prueba a ponerlo en ambos a 60Hz.

Es a lo máximo a lo que puedo llegar, no tengo ni he tenido proyector, me baso solo en lo que leo del manual, a ver si aciertas con la configuración...